目前，普遍接受的觀點是：水體中有機污染物含量過高時，在好氧微生物的作用下，有機物分解會大量消耗水中的氧氣，使水體轉化成缺氧或厭氧狀態。在缺氧和厭氧條件下，水體中的鐵、錳等金屬離子與水中的硫離子形成硫化亞鐵、硫化錳等化合物。懸浮顆粒吸附硫化亞鐵、硫化錳等，致使水體變黑;有機物腐敗、分解，產生氨、硫化氫、硫醇、硫醚、有機胺和有機酸等惡臭物質，致使水體變臭。由此，不難分析出影響水體黑臭的主要因素有：有機污染物濃度、營養物質濃度、污染時間(污染形成后經歷的時間)、水力條件、溫度條件等。

黑臭水體治理的思路先行，避免為了治理黑臭而治理黑臭。黑臭水體治理思路可謂“百花齊放”，表面上看非朱即墨，實則殊途同歸，總體可以概括為“系統分析、綜合施策”。“系統分析“是指必須系統分析城市黑臭水體水質水量特征及污染物來源，包括點源污染源(排放口直排污廢水、雨季溢水、初期雨水等)、面源污染源(各類降水所攜帶的污染負荷、農村畜禽養殖廢水等)以及內源污染源(底泥污染物、漂浮物、懸浮物等)，“系統分析”保障了“綜合施策”的科學性與可操作性。“綜合施策”既指綜合控源截污、內源控制以及生態修復等黑臭水體治理技術，避免單一治理技術的局限性，即再好的單一治理技術也不能徹底解決水體黑臭問題，亦指綜合水體污染程度、污染原因和污染階段，因地制宜，因時制宜，選用相對適宜的治理方案。

根據污染程度與治理目標的不同，將黑臭水體治理分為應急治理、水質改善和長效保持三個階段。

在應急治理階段，針對黑臭嚴重水體，采取有效措施，短期內快速緩解和消除黑臭現象。主要技術實施要點為：

(1)截污，控制外源污染物的進入;

(2)投加絮凝劑、除藻劑等藥劑，快速去除污染物;

(3)底泥清淤，將大量污染物遷移出水體;

(4)補水(地表水或再生水)，快速遷移、稀釋污染物質。在水質改善階段，經過應急處理措施，黑臭現象緩解之后，進一步減輕水體污染負荷，采取工程措施凈化水質，恢復水體景觀功能。

主要技術實施要點為：

(1)人工增氧(曝氣、純氧增氧、化學增氧等)，防止厭氧分解，提高水體中有機污染物質的降解速度;

(2)投加底質改良劑或氮磷控制劑，降低內源污染釋放(僅適用于滯流型水體、封閉和半封閉型水體);

(3)旁路處理，對水體進行循環處理;

(4)植物凈化(植物塘、生態浮島等)，利用水生植物的凈化功能改善水質。在長效保持階段，黑臭水體治理后，可能會面臨污染負荷再度升高等問題，使得水體水質惡化和黑臭反復，因此需要保證水質有效管理，確保水質改善效果的長效性。

主要技術實施要點為：

(1)清水補給，通過補水加快水體循環;

(2)生態修復，提高水體自身的凈化能力;

(3)水華控制，消除黑臭后的水體，仍然是富營養化水體，藻類容易暴發，最終導致黑臭，應采取必要措施控制水華。